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2000年以来如皋市规模以上工业企业（年主营业务收入500万元以上的工业企业）研发经费持续较快增长，研发队伍不断壮大，科研实力稳步提升，以企业为主体、以市场为导向、产学研相结合的技术创新体系得到进一步加强，工业企业创新产出能力明显提高。
近十年来，如皋市工业企业在自主创新能力方面虽然取得了较大的进步，但是还存在方方面面的不足，尤其与周边地区相比，如皋市R&D投入总量或投入强度位次还不靠前，有待“十二五”期间进行不懈的努力，这也是工业经济转型升级必由之路。同时，转变发展方式，调整经济结构，培育战略性新兴产业，全面改造提升传统产业，改善民生和促进社会和谐，加快创新型城市建设，早日实现科技强市的目标，都对科技创新提出了新的要求。
（1）完善政策体系，不断加强规划引导。科技创新经费的投入是自主创新工作顺利进行的有力保障和基础。为促进如皋市的企业自主创新，政府部门要进一步落实相关鼓励创新的相关政策。在提高科技经费投入总量的同时，还要注重科技经费投入结构的调整，力求形成与提升自主创新能力相匹配的资源配置。确保资金投入方向，主要投向研究开发活动，对影响面大、带动性强的科技创新基地和基础设施进行长期投资，培育科技创新发展的增长极。要充分发挥市场的作用，鼓励和引导民间资本大量流向科技领域，从而促进技术进步与经济增长相互促进的良性循环，提高县域综合竞争力。
（2）加强人才培养，完善创新支撑体系。自主创新，人才为本。人才是第一资源，是增强自主创新能力的根本保证。在吸纳人才机制方面要进行相应创新，努力营造培育人才的良好环境和社会氛围，充分发挥创新人才的积极性和创造性，把发现、培养、使用和凝聚自主创新人才作为重要工作。
（3）开拓融资渠道，建立风险投资制度。政府和企业对科技活动资金投入的多少，直接关系着企业现在和未来的市场竞争力的大小。由于科技创新具有周期长、风险大、失败率高等特点，因此，企业吸引资金的能力小，资金筹措困难。应加大对科技的投入，逐步适应经济发展的需要。在加大对企业资金的财政支持力度同时，加强银行金融创新，建立和发挥中小型科技企业创新基金的引导作用，创建社会化资本风险投资公司，建立和完善风险投资机制、保险机制、科技信贷和信用评估机制，使资本市场成为科技发展的强有力支撑。健全和完善中小企业贷款担保机制，鼓励金融部门加大对技术创新的投入，形成多元化的社会科技投资体系。
（4）发挥主体作用，着力改善基础条件。企业在自主创新方面具有无可替代的主体地位和作用。目前，如皋市企业的自主创新能力还有待提高，不少企业尚未形成自己的核心技术能力，创新的组织机制也有待完善。全面提升企业的自主创新能力，使企业真正成为创新的主体，关键是要进一步深化改革，使企业成为研究开发投入的主体、技术创新活动的主体和创新成果应用的主体。紧紧围绕经济转型升级的中心任务，加快实施重大科技专项，重大创新基地、平台与载体建设，加快培育生物产业、新能源产业、高端装备制造业、节能环保产业、海洋新兴产业、新材料产业等战略性新兴产业，继续引导企业建立适应创新需求的研发机构，加强国家、省级工程技术研究开发中心的建设；要推动企业现有研究开发创新机构能力的提升，支持有条件的企业通过与高等院校、科研院所联合，支持企业组建技术联盟、战略联盟，提倡和支持相对稳定的产学研合作，鼓励和支持民营科技企业成为技术创新的骨干力量，把握技术创新的市场导向，有效整合产、学、研的力量，加快技术创新成果的产业化，着力改善科技创新基础条件。
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