（1）侵权认定的法律依据问题。定牌加工中的商标侵权行为的主体是委托方或加工方，侵犯的客体是商标注册人的商标专用权。因此，追究定牌加工中侵权人的法律责任应当适用商标法律，即侵权人的行为构成生产、销售侵犯注册商标专用权商品的行为；不应适用产品质量法律，《产品质量法》所述的“以假充真”是指行为人以欺骗的手段用甲产品充当乙产品的一种违法行为，其本质是该以假充真的产品不具有其谎称的产品的特征和特性。
（2）商标侵权违法行为的定性问题。首先要分清法律责任，如前文所述，既要根据委托加工合同的约定以及当事人是不是遵守委托加工合同，也要查清当事人是不是真实的委托加工关系，从而确定涉嫌侵权人的法律责任。其次，定牌加工中的商标问题既包括商标侵权问题，也包括一般商标违法行为。如果构成商标侵权，则还要视其生产、销售的产品与商标权利人核定使用的商品类别是否相同或近似，从而判断其行为是一般商标侵权行为还是假冒注册商标行为。一般违法行为是指注册商标权利人和未注册商标使用人不规范使用其商标的行为。对定牌加工中出现的此类问题，执法机关应予以纠正，如果因不规范使用构成侵权，则应追究侵权责任。
（3）商标侵权处理的定量问题。商标侵权的定量处理主要包括非法经营额的计算以及由此决定的处罚结果问题。定牌加工的非法经营额包括3种情况。一是在委托方和加工方构成的侵权行为中，根据加工合同，如果加工方只负责加工产品，则委托方的非法经营额计算为其委托加工产品的全部销售收入，加工方的非法经营额计算为其所获加工费；如果加工方不仅加工产品而且销售产品，加工方的经营额则应计算为所销售的产品的全部收入。二是加工方违反委托加工合同超数量加工产品或其加工的产品由于质量等原因被委托方拒收或退回，加工方却予以销售的行为，则加工方的非法经营额计算为其所违法销售产品的全部收入。三是如果加工者不是委托加工企业而冒充委托加工行为的，则非法经营额计算为其生产、销售产品的全部收入。
