1.商标证明等有关材料真实性的确认问题
按照惯例，定牌加工中涉及使用注册商标的，委托方应提供合法有效的商标证明文件。对于加工方来说，由于委托方大多是国外企业，提供的往往是未经公证的材料或者非原始证件，加上定牌加工企业竞争激烈，商标意识不强，所以，许多加工企业往往疏于把关。对于行政执法机关来说，发现涉嫌侵权案件后，由于受案件处理时间以及语言条件的限制，往往难以在较短时间内确定委托加工合同和相关证明材料的真实性、有效性，降低了行政执法效率。
2.定牌加工合同的复杂性，增加了行政执法工作的难度
首先，定牌加工合同具有多层次性，如甲委托乙，乙又委托丙。其次，定牌加工合同具有多样性，如有的委托方只委托加工方加工产品，有的委托方不仅委托加工方加工产品，而且委托其销售产品。最后，定牌加工合同的真伪不易辨别。如有的企业伪造定牌加工合同；有的委托方和加工方是同一企业，却有不同的法人身份；有的委托方为了逃避法律责任，往往注册为香港或境外企业，当其侵权行为在我国内地被查处时，便把责任全部推给加工方。
3.涉外定牌加工中商标侵权案件如何追究境外委托人的商标侵权责任问题
在涉外定牌加工中，由于委托方的原因侵犯了在中国注册的商标专用权或者是未在中国境内注册的国际驰名商标，虽然侵权行为地发生在中国境内，但由于委托方是境外公司或自然人，难以做到有效追究委托方的法律责任。
4.委托加工的产品最终到达地的确认问题
由于商标权是域内法权，商标权的取得和保护以国内法为基本依据，因此委托加工产品的最终到达地对于确定委托方或加工方是否构成商标侵权至关重要。委托加工产品从加工地到达最终地可能要经历许多环节、经过不同国家或地区，加上商品销售行为的即时性和多样性（如电子交易等），大大增加了行政执法机关的执法难度。
5.关于定牌加工中商标即发侵权问题的处理
“商标即发侵权”指行为人已经开始着手实施商标侵权行为，但侵权产品尚未付诸生产或销售，即还没有给商标权利人造成实际损害后果的一种行为。在定牌加工关系中和一些大型的商品交易会上，即发侵权现象已经引起了越来越多人的关注。青岛市中级人民法院曾经根据《与贸易有关的知识产权协议》（Trips协议）中关于即发侵权的有关规定，审结了一起侵犯凤凰商标专用权的案件。该案中，被告未经原告许可，在与外方签订的合同中使用原告的注册商标。法院认定，虽然被告签订的合同未实际履行、损害结果尚未明显发生，但根据案件事实可以推定被告将来出口的产品为侵权产品，故认定被告构成侵权。笔者认为，这一案例值得行政执法机关借鉴。
