(一)非法转让问题
所谓非法转让注册商标就是指注册商标的转让人不是该注册商标的所有人，或者是未经注册商标权利所有人同意，而以欺诈或者其他不正当手段将其注册商标转让。在现有的商标转让程序中由于客观存在的诸多漏洞，恶意转让并非难事。虽然事后完全可以通过法律途径解决和保护商标权利人的利益，但当事人遭受的重大损失将是无法弥补的。
(二)无效转让问题
所谓无效转让就是指注册商标的转让不符合商标法律所规定的限制条件，虽然商标转让双方已签订了商标转让协议，并且受让方也已支付了商标转让费，但该注册商标转让申请根本不可能被国家商标局核准，因此，该商标的转让是无效的。
由于国家商标局办理注册商标转让审核的周期要四～六个月的时间，再加上转让双方签订商标转让协议后，需要支付转让款项，准备相关的商标转让申请文件资料，邮寄打印等等。因此，商标转让协议签订后，无法立即确定该被转让商标是否能被国家商标局核准转让注册，而起码需要有六个月以上的时间才能知晓。如果是由于工作上的善意失误，那还可以事后予以弥补更正；但对于事先有预谋的恶意行为，则受让人将遭受巨大的经济损失。
(三)部分转让问题
所谓部分转让就是指注册商标的转让人，未将与被转让商标权利相关的其他同类近似商标一并转让给商标受让人，而是有意或无意的保留或隐瞒了一部分与转让商标相近似的同类商标，转让人在商标转让之后仍可以使用与被转让商标相近似的其他商标，对商标受让人造成了实质性的伤害。
部分转让问题实质上是属于无效转让其中的一种情况。虽然，为了避免这种情况，“商标法实施条例”第25条第二款作了明确的规定，国家商标局在对商标转让的申请也就此方面进行严格的审查，但是，必须要提防用心不良者利用法律中的漏洞。
(四)隐瞒被转让商标的权益漏洞问题
商标转让人在转让该商标时，隐瞒了该商标在转让之前已经被许可他人使用，被质押抵债，被转让等等问题，使得商标受让人在受让商标后的实际权益受到损害和侵蚀。
(五)无效申请问题
商标注册申请被受理后所取得的《商标注册申请受理通知书》，只是表明该申请人的主体资格和商标申请文件符合商标注册申请的要求，商标注册申请被商标局受理而进入审查程序，它并不表示该商标注册申请成功的可能性大小或其它什么意思。从极端的角度上说，即使一个商标因为违反法律的规定而绝对不可能获准注册，而该商标的注册申请只要申请人和申请文件符合规定，也能取得《商标注册申请受理通知书》。因此，将根本不可能获准注册的商标注册申请称之为无效申请。
(六)多次申请问题
商标注册申请人如果将一个完全相同或类似的商标在同一个类别中办理两次或两次以上的申请，而将后一次的商标注册申请转让他人，那么即使这个商标具有非常好的创意和可以注册性，而该商标的受让人永远也不可能得到这个商标，因为商标法规定“两个或两个以上的商标注册申请人，在同一种商品或类似商品上，以相同或者近似的商标申请注册的，初步审定并公告申请在先的商标”。因此，在转让商标注册申请时，要防止这类风险的产生，避免不必要的损失。
