《条例》公布于1997年3月20日，同年10月1日施行，至今已有15年。在植物新品种发展迅猛的新形势下，原有侵权处罚面临着无据可依和处罚力度太小等情况，不能有效震慑和制止违法行为。
国务院此次对《条例》中的2条处罚办法进行了细化，如第39条第三款，“没收违法所得，可以并处违法所得5倍以下的罚款”修改为“没收违法所得和植物品种繁殖材料；货值金额5万元以上的，可处货值金额1倍以上5倍以下的罚款；没有货值金额或者货值金额5万元以下的，根据情节轻重，可处25万元以下的罚款。”而第40条也做了相应的修改，还加上了“情节严重，构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
据中国政府网消息，国务院总理温家宝日前签署国务院令，公布修改《中华人民共和国植物新品种保护条例》的决定，自2013年3月1日起施行。
国务院决定对《中华人民共和国植物新品种保护条例》作如下修改：
一、将第三十九条第三款修改为：“省级以上人民政府农业、林业行政部门依据各自的职权处理品种权侵权案件时，为维护社会公共利益，可以责令侵权人停止侵权行为，没收违法所得和植物品种繁殖材料；货值金额5万元以上的，可处货值金额1倍以上5倍以下的罚款；没有货值金额或者货值金额5万元以下的，根据情节轻重，可处25万元以下的罚款。”
二、将第四十条修改为：“假冒授权品种的，由县级以上人民政府农业、林业行政部门依据各自的职权责令停止假冒行为，没收违法所得和植物品种繁殖材料；货值金额5万元以上的，处货值金额1倍以上5倍以下的罚款；没有货值金额或者货值金额5万元以下的，根据情节轻重，处25万元以下的罚款；情节严重，构成犯罪的，依法追究刑事责任。”
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