商业秘密侵权，如何确定损失数额，根据相关法律规定，参照侵犯专利权案件中的赔偿计算方法，包括：(一)以商业秘密权遭受的损失为赔偿额；(二)以侵权人获得的利润为赔偿额；(三)以不低于商业秘密实施许可的合理使用费为赔偿额；(四)当事人自愿协商赔偿额。其中侵权人所获利的利润应当以销售润为准。
《反不正当竞争法》第二十条规定，被侵害的经营者的损失难以计算的，赔偿额为侵权期间因侵权所获得的利润。
最高人民法院《关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》第17条规定，确定反不正当竞争法第10条规定的侵犯商业秘密行为的损害赔偿额，可以参照确定侵犯专利权的损害赔偿额的方法进行。
在实际损失和推定赔偿均难以确定的情况下，依据最高人民法院《关于全国部分法院知识产权审判工作座谈会纪要》，可以适用定额赔偿。即对于已查明侵权事实，但原告损失和被告获利均不能确认的案件，可以采用定额赔偿的方法来确定损害赔偿额。定额赔偿的幅度，可掌握在5000元到30万元之间（这也是专利侵权的赔偿标准），具体数额由法院根据被侵害的知识产权类型、评估价值、侵权持续时间、权利人因侵权所受到的商誉损失等因素在定额赔偿的幅度内确定。
综合以上规定，原告起诉时可以参考下面的方式确定或诉讼中变更诉讼请求中的赔偿数额，并准备与之相应的证据：
（一）以被侵权人在侵权产品出现后的产品销量乘以其侵权前后产品销售的利润差；（二）以原告的相关产品因侵权造成的销售数量减少的总数乘以每件产品的合理利润；（三）以侵权人的侵权产品销量乘以被侵权人在被侵权前该产品的平均利润；（四）以被侵权人在同等条件下对该技术秘密的转让费或许可费作为赔偿额；（五）以被侵权人研制该技术秘密所支付的费用作为赔偿额；（六）以侵权人帐面所记载的盈利情况确定赔偿额；（七）以侵权人的侵权产品销售额减去其成本后的所得利润额作为赔偿损失的数额；（八）以侵权人的侵权产品销量乘以其同一行业一般的利润率。
