根据《食用菌菌种管理办法》的规定，国家鼓励和支持单位和个人从事食用菌品种选育和开发，鼓励科研单位与企业相结合选育新品种，引导企业投资选育新品种。选育的新品种可以依法申请植物新品种权，国家保护品种权人的合法权益。
菌种是指食用菌菌丝体及其生长基质组成的繁殖材料，分为母种（一级种）、原种（二级种）和栽培种（三级种）三级。目前我国从事菌种生产经营的单位和个人，均应当取得《食用菌菌种生产经营许可证》。仅从事栽培种经营的单位和个人，可以不办理《食用菌菌种生产经营许可证》，但经营者要具备菌种的相关知识，具有相应的菌种贮藏设备和场所，并报县级人民政府农业行政主管部门备案。
一、主管部门
母种和原种《食用菌菌种生产经营许可证》，由所在地县级人民政府农业行政主管部门审核，省级人民政府农业行政主管部门核发，报农业部备案。
栽培种《食用菌菌种生产经营许可证》由所在地县级人民政府农业行政主管部门核发，报省级人民政府农业行政主管部门备案。
二、申请条件
申请母种和原种《食用菌菌种生产经营许可证》的单位和个人，应当具备下列条件：
（一）生产经营母种注册资本100万元以上，生产经营原种注册资本50万元以上；
（二）省级人民政府农业行政主管部门考核合格的检验人员1名以上、生产技术人员2名以上；
（三）有相应的灭菌、接种、培养、贮存等设备和场所，有相应的质量检验仪器和设施。生产母种还应当有做出菇试验所需的设备和场所。
（四）生产场地环境卫生及其他条件符合农业部《食用菌菌种生产技术规程》要求。
申请栽培种《食用菌菌种生产经营许可证》的单位和个人，应当具备下列条件：
（一）注册资本10万元以上；
（二）省级人民政府农业行政主管部门考核合格的检验人员1名以上、生产技术人员1名以上；
（三）有必要的灭菌、接种、培养、贮存等设备和场所，有必要的质量检验仪器和设施；
（四）栽培种生产场地的环境卫生及其他条件符合农业部《食用菌菌种生产技术规程》要求。
三、申请材料
申请《食用菌菌种生产经营许可证》，应当向县级人民政府农业行政主管部门提交下列材料：
（一）食用菌菌种生产经营许可证申请表；
（二）注册资本证明材料；
（三）菌种检验人员、生产技术人员资格证明；
（四）仪器设备和设施清单及产权证明，主要仪器设备的照片；
（五）菌种生产经营场所照片及产权证明；
（六）品种特性介绍；
（七）菌种生产经营质量保证制度。
申请母种生产经营许可证的品种为授权品种的，还应当提供品种权人（品种选育人）授权的书面证明。
四、受理审批
县级人民政府农业行政主管部门受理母种和原种的生产经营许可申请后，可以组织专家进行实地考查，但应当自受理申请之日起20日内签署审核意见，并报省级人民政府农业行政主管部门审批。省级人民政府农业行政主管部门应当自收到审核意见之日起20日内完成审批。符合条件的，发给生产经营许可证；不符合条件的，书面通知申请人并说明理由。
县级人民政府农业行政主管部门受理栽培种生产经营许可申请后，可以组织专家进行实地考查，但应当自受理申请之日起20日内完成审批。符合条件的，发给生产经营许可证；不符合条件的，书面通知申请人并说明理由。
