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今年突如其来的新冠肺炎疫情给中国乃至全世界带来了严峻的考验,截至目前,病毒阴霾仍未消散,药物和疫苗研发仍然在紧锣密鼓地开展,各类新药、疫苗及各类临床研究成果也在相继涌现。在新药研发过程中,如果科研人员拥有相对完善的药物和化合物数据库,就可以在基于经验的以病原体为研究出发点的基础上,同时以具有相关或可能疗效的化合物及其结构为出发点,迅速从多个角度锁定对冠状病毒有针对性的目标化合物或类似结构化合物,从而加快药物研发的进程,提高药物研发的成功率。
本文以现有新冠肺炎药物的研发为例,对药物数据库标引规则的制定进行分析,并借鉴国内外医药化学类数据库的标引内容给出建议,以期为药物专利数据库的建设提供参考。
杂环化合物的标引作用突出
新冠肺炎药物的研发目前有很多相关成果,例如瑞德西韦、法匹拉韦、磷酸氯喹等。今年10月,美国食品药品管理局刚刚批准了瑞德西韦用于新冠住院患者的临床治疗,成为美国首个正式获批的新冠治疗药物。
瑞德西韦的分子结构属于典型的多手性中心杂环化合物,这也是众多治疗冠状病毒药物的共同特点。与此同时,几乎所有的药物都含有杂环,治疗领域包括而不限于心脑血管和代谢疾病、中央神经系统疾病、抗癌、抗炎、抗溃疡、抗病毒感染等等。由此可见,杂环化合物不仅在新冠肺炎的治疗,同时在各类常见或罕见病症的药物发现和药物研究中均起着极其重要的作用。因此,在后疫情时代的药物专利数据库建设中,杂环化合物的标引方法也必将成为重中之重。
杂环化合物是分子中含有杂环结构的有机化合物。构成环的原子除碳原子外,还至少含有一个杂原子,是数目最庞大的一类有机化合物。杂环化合物的标引过程中,分类方法需要给予重视,以便于研发人员在检索过程中快速缩小范围。在国际专利分类IpC体系下,C07D属于杂环类化合物,包含天然产物和合成化合物。天然杂环化合物包括生物碱、类固醇、信息素或性激素、类黄酮、香豆素、维生素、生物素、嘌呤、嘧啶核酸碱、黄素类、木脂素类等。制定标引规则时,可以按照杂原子的种类分类:最常见的杂原子是氮原子、硫原子、氧原子;可以按照环的种类分类:分为脂杂环、芳杂环两大类;也可以按照环的大小分类:药物中涉及的杂环化合物主要包括五元杂环、六元杂环和七元杂环;还可以按照杂原子的个数分类:分为含有一个杂原子的和含有多个杂原子的杂环化合物。
国内数据库标引侧重物质属性
在目前国内药物专利数据库建设过程中,化合物的标引一般包括化合物名称、分子结构式、CAS号、分子量等原文中出现的物质属性信息。在药物研发人员检索数据库时,除了检索物质的属性信息外,化合物的制备方法也非常重要,比如药物A由3步反应得到,每一步由哪些反应物发生什么反应、反应条件是什么,这些信息应当在标引过程中给予重点关注。例如,五元杂环主要有吡咯、呋喃、吲哚、二唑等及其苯并化物及衍生物,五元杂环化合物的合成方法主要是采用含有杂原子的取代基与活泼的羰基化合物发生缩合反应直接成环或者先缩合再成环。这其中,除了标引化合物名称等物质属性信息外,合成反应中反应物的类型和反应类型都应当被重点标引,以便药物研发人员检索时能够快速得到该化合物的合成方法信息,确定合成策略,加快研发进程。再如,前面提到的瑞德西韦,其分子结构中含有多个手性中心。一般来说,含有手性中心的药物分子只有其中一种构型是有药理活性的,而实验证明,瑞德西韦的异构体中,只有S构型具有抗病毒活性。因此,合成过程中涉及的对映异构体的分离方法和不同异构体的抗病毒活性测试就非常重要,在标引过程中要有所侧重。
国外数据库标引重视制备方法
国外重要的医药化学类数据库对杂环化合物的标引相当细化、全面。除了标引化合物名称、化学结构式、立体构型、CAS登记号等,还要根据杂环化合物的结构和功能给出详细的分类,同时会给出其在文献中的位置信息。给化合物分配相关的职能符,以表示化合物在文献中的存在形式和作用。对杂环化合物的制备方法也相当重视,在标引要点、关键词以及摘要中都有涉及所发生的化学反应类型。这些都是我们可以借鉴的做法。
药物专利数据库的建设和完善是一项重要工作,在疫情肆虐全球的背景下,药物专利标引要点要包含药物研发需要的重点信息,要更符合研发人员的检索习惯,以更简洁、更有利于药物的系统研发为目标,真正成为科研人员和医疗系统的重要助手,成为提高医疗防控系统应对突发疫情能力的重要保障。(知识产权出版社有限责任公司张艳)
(编辑:蒋朔)
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