目前，知识产权保护不力是制约科技成果转化的突出问题。知识产权保护不力将严重降低创新收益的预期，从而降低创新投入和先进技术引进。
我国知识产权保护主要存在四个问题：
一是法律规定缺陷。法律对知识产权侵权实行“填平原则”，实际赔偿额过低。
二是司法与行政保护不足。目前，北上广知识产权法院仍没解决知识产权侵权审判结果不同、赔偿标准不同等问题。行政执法缺乏法定处罚手段，相当一部分案件仍然起诉到法院。
三是职务知识产权保护不足。《促进科技成果转化法》修订的第42条规定不全面，因为，目前职务发明人或者亲属私自将单位的知识产权转移转化的情况还是存在的，还有一些人许可他人实施收取利益。另外，在第44条规定了奖励的三种方式，但是没有规定上限。应同时调动单位和发明人的积极性，职务发明人获得收益以三分之一为宜。
四是对发明人保护不足。《促进科技成果转化法》修订的第47条处理罚款，规定力度不足。由于“侵权填平”原则，专利侵权、虚假技术转移侵权行为泛滥，造成知识产权保护和技术转移长期不好。正在修改的专利法也在力推建立专利侵权惩罚性赔偿制度，科技成果转化法应当在这方面进行规范。
建议：
一要提升企事业单位知识产权保护与管理能力。《促进科技成果转化法》修订的第16条第2款应增加“建立内部技术转移机构，配备合理的人员队伍，加强投资能力建设”。
二要加强对职务成果保护。第42条第3款应改为“未经单位书面同意，任何人不得将职务科技成果擅自或者变相自行实施、转让实施或许可他人实施”。
三要加强对单位权益的保护。第44条应在前两条“百分之二十”后面增加“不高于百分之五十”，在第三条“百分之五”后面增加“不高于百分之十”的条件。
四要加大对虚假欺骗转化行为处罚力度。《促进科技成果转化法》修订的第47条应建立惩罚性赔偿制度，在“并处以”后面加上“三倍以下”。
