我国现行专利法上的专利权保护制度，既有损害赔偿，也有责令停止侵权行为，且规定了司法保护和行政保护，体现出独自的特色。该法第60条规定，未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决；不愿协商或者协商不成的，专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求管理专利工作的部门处理。管理专利工作的部门处理时，认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以依法向人民法院提起行政诉讼；侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行。进行处理的管理专利工作的部门应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解；调解不成的，当事人可以依照民事诉讼法向人民法院起诉。
上述规定体现了我国立法对专利权纠纷复杂性的重视，但这些规定在实践中的实效性保障也受到挑战。这种挑战源于对专利权行政保护之必要性和重要性的认识不到位，也源于欠缺相应的实体标准、程序规范和手段保障。为实现党的十九大报告提出的“倡导创新文化，强化知识产权创造、保护、运用”的目标，应当修改专利法等法规范，完善相应标准和程序，确保专利行政执法实效性。
其一，在肯定当事人协商解决侵害专利权纠纷的价值取向的基础上，确立行政机关依职权查处严重专利侵权行为的制度。应当注意到，严重的群体侵害、连续侵害乃至重复侵害专利权的，其所侵害的已不仅限于专利权人的合法权益，而且还包括法律保护的“鼓励发明创造”及“提高创新能力”等秩序价值。此时的特定专利权已经处在与该领域的公益极大一致的状态，为此而发动专利行政执法权也就具有了合目的性。
其二，由当事人选择向人民法院起诉或者请求管理专利工作的部门处理，进而确立行政处理的制度机制和程序。目前的规定太模糊。管理专利工作的部门本身有待进一步明确定位，而其如何处理的问题，更应当有进一步详尽的程序规范作为支撑。尤其是涉及到认定侵权的问题，不仅要有程序性的规范，而且要确立科学合理的实体性标准，确保具有实效性的执行手段。认定或者不认定侵权行为，须与前述“未经专利权人许可，实施其专利，即侵犯其专利权”的标准相照应。这里使用了“可以”，即赋予了管理专利工作的部门以裁量判断的余地，既可以责令也可以不责令侵权人立即停止侵权行为。为确保无瑕疵裁量，需要制定和完善应对各类专利侵权情形的判断基准。
其三，对管理专利工作的部门作出处理决定所应当履行的准司法性程序，以及对法院如何审理行政机关的居间裁断，应当以法律的形式设置相应的特别程序。应当在法律中明确规定，对行政机关经过如此正式的程序作出的裁断，法院应当适用实质性证据的法则，予以最大程度的尊重。
其四，专利侵权的认定是非常复杂的事情，专利行政保护的权威性应当基于其专业性和程序的完备性。管理专利工作的部门以其高度的专业性和非常正式的准司法性程序为支撑，作出处理决定，认定侵权行为成立，又根据利益均衡的原则，经过斟酌而作出责令“立即”停止侵权行为的决定，该行政行为应当“立即”产生公定力。所以，侵权人“期满”不起诉又不停止侵权行为的情形，在逻辑上是讲不通的。应当以法律赋予管理专利工作的部门以强制执行权，以便其能够及时纠正专利侵权行为。此外，为了确保责令停止侵权行为的实效性，应当赋予管理专利工作的部门以公布违法事实、纳入征信系统等间接强制的保障手段。
其五，应当在现行法关于行政调解规定的基础上，进而确立更具实效性保障的专利权纠纷行政调解制度，包括实体标准和程序规范，对调解适用要件、调解的程序和工作流程、调解的种类及其效力等。赋予正式调解以强制执行请求权依据的效力，不仅有助于节约行政司法资源，而且对于助推诚信社会建设也具有重要意义。
