近年来，合肥市的产业技术创新战略联盟组建和运行，已经取得了跨越式发展，而知识产权作为保障联盟长效稳定发展的关键，仍存在一些亟待解决的问题。
知识产权的侵权和外泄问题
一、自身知识产权被窃取扩散。在战略联盟组建和运行过程中，一些联盟成员以窃取合作伙伴的知识产权为目的加入联盟，对其他合作伙伴的核心技术进行恶意的盗窃和复制进而申请专利，或将其他成员仅限合作项目内共享的知识产权用于项目外的运营。
二、对外部知识产权的侵权。一些联盟成员有可能在内部研发中有意或无意地使用联盟之外其他机构的知识产权，从而侵犯他人知识产权，使整个联盟可能面临诉讼指控、侵害赔偿的风险。
三、知识产权管理不慎导致外泄。一是由于联盟技术研发人员的保密意识不强造成外泄；二是由于人员流动性增大造成外泄；三是由于存在一个组织参与多个战略联盟的现象，也可能引起不同联盟间的交叉外泄。
知识产权的投入和共享问题
一、联盟成员间知识产权隐藏保留。参与联盟组织可能想保护自身知识产权，或者是联盟中的各成员相互之间不信任，都会对自身所拥有的核心知识产权有所保留。只向联盟伙伴提供不是很重要的知识产权进行共享，或者是将核心技术中的隐性知识有意隐藏或保留。
二、知识产权资产价值评估困难。联盟成员投入的知识产权的价值评估，对新产生的知识产权的归属，以及合作成果的分配起到直接的作用，而知识产权资产的无形性、不确定性，又使得其价值评估相当复杂和困难。因此，联盟成员对于不同的评估结果往往会展开较为激烈的较量。
三、知识产权共享范围难以界定。联盟成员提供给合作伙伴的知识产权共享范围的界定，仍是运行中的难题，如果联盟成员提供给其他合作伙伴的知识产权共享范围较小，则不仅影响合作的效果且会遭到其他企业的反对，难以达成合作契约；而如果共享范围过大，会造成不必要的核心创新能力的流失。
知识产权的归属与分配问题
一、合作产生的知识产权归属不清。联盟成员作为战略联盟的一个组成部分，既是联盟的参与者，同时也是一个进行科技创新的独立单位。在与联盟其他成员的合作过程中，由于受到外界环境和内部成员的变化的影响，难以对合作产生的知识产权的最终归属做出明确的判定。
二、知识产权分配不公平导致的利益分配不合理。一是区域因素，在不同的地区和市场，联盟成员合作产生的知识产权所带来的收益存在差距；二是合作成果所应用的领域，联盟成员可能来自不同行业，同时也会将合作成果应用于不同的领域，这就造成了成果应用价值上的不同；三是权利类型因素，联盟成员对于合作成果所拥有的不同的权利所带来的收益也会不同，使用权和继续开发权所能带来的潜在收益是很难评估的。
化解产业技术创新战略联盟中知识产权问题的对策
一、健全产业技术创新战略联盟内的知识产权保护机制。首先，建立联盟成员的知识产权信用评价选择机制。在联盟形成阶段，通过对各个参与成员的知识产权风险评估，评估参与者加入联盟的真正动机及诚信水平，调查参加者是否存在知识产权侵权历史或其知识产权是否合法，进而决定是否吸纳其为正式联盟成员。其次，建立联盟内部的知识产权使用审查和监督机制。在联盟的组建过程中，一些联盟成员会提供自身的知识产权供其他联盟成员共享，在联盟运行过程中，很多科技创新活动也都涉及到对已有知识产权的使用，通过知识产权使用审查和监督，既能从源头保证提供给联盟共享的知识产权不存在侵权问题，也能对其他成员如何使用他人知识产权进行审查和监督，从而对知识产权进行有效地保护。再次，建立加入和退出联盟的知识产权保护机制，提升联盟内从事科技创新活动的科技人员进行知识产权保护的意识，与联盟内相关人员签署知识产权保护契约，强化规则约束。
二、完善产业技术创新战略联盟内知识产权管理机制。首先要从联盟内部的知识产权管理制度着手，这也是构建联盟内知识产权管理体系的一个先决条件。知识产权管理制度的设计既要遵循国家和地区的知识产权相关法律法规，又要结合联盟是契约化结合体的实际情况，尤其是对于一些容易引起分歧和纠纷的问题，如联盟内部知识产权共享的范围、知识产权的价值评估、知识产权归属判定等问题需要做出具体而明确的规定，或者制定详细的解决流程，在得到所有联盟成员认同之后坚决予以实施。此外，要开展知识产权方面的辅导和培训工作，对联盟成员的技术创新人员进行知识产权知识指导，以提高法治意识。
三、完善产业技术创新战略联盟的利益分配模式。一是遵循考虑实际投入贡献率的原则。投入成本越多不一定能够给联盟带来更多的价值，还要看其在联盟中的贡献率，过量投入不但不能增加知识产权的实际价值，还可能带来边际递减的不利影响。二是遵循成员地位重要性原则。在整个联盟产业链中，应考虑主导成员的地位，通过赋予权重，确定各成员地位重要性程度进行分配。三是遵循风险适量补偿原则。联盟中各成员在投入过程中难以避免知识产权风险，要根据风险承担的程度，给予收益补偿，等等。
