加快关键产业技术创新步伐，是推进产业转型和经济发展方式转变的重要途径。近年来，我国高技术产业发展迅速，自主创新能力明显增强。但高技术产业自主技术创新面临严峻的资金难题：中小企业普遍缺乏资金进行研发和创新；东北和中西部地区的高技术产业发展相对迟缓，研发机构的科研成果产业化能力不强，研发资金不足。加强高技术产业自主创新亟需金融服务的大力支持。良好的金融服务不仅能够保障拥有大量中小企业的高技术产业实现良性经营运转，而且能够保障其开展自主创新的资金需求。为高技术产业自主创新提供有力的金融支持，需要在以下几方面作出努力。
发展资本市场，满足中小科技企业融资需求。我国高技术产业发展长期依赖间接融资，直接融资渠道不畅。2009年，我国资本市场创业板正式运行。不久前“新三板”扩大试点正式启动，并将继续沿用中关村代办系统的各项制度规则，资本市场在支持以中小企业为主体的高技术产业发展方面的不足得到一定程度的弥补。但是，我国资本市场仍然不能满足众多中小科技企业的融资需求，还应进一步发展完善，促进资本市场充分发挥资金配置功能，更好满足高技术产业自主创新的资金需求。
加强政策引导，促进高技术产业自主创新可持续发展和区域协调发展。高技术产业的创新产品一般要经历研发期、导入期、高峰期、衰退期的生命周期，其中研发期资金需求量大、回收期长、风险高，商业性投资不愿涉足。因此，有关部门应完善科技企业的信贷考核体系和信用担保机制，协助商业金融机构加强风险管理，并对开展高技术产业尤其是科技型中小企业贷款业务的商业银行实行差异化管理和监督。同时，发挥政策性资金扶持的杠杆作用，通过财政贴息和政策性担保等方式引导商业金融机构进入，建立以政策性资金为引导、商业性融资为依托、境内外投资兼用的金融支撑体系。为促进区域经济协调发展，应实施高技术产业自主创新的区域化金融支持战略。对长三角、珠三角和京津等地的高技术产业自主创新，可以根据项目迫切性和市场前景给予重点支持，以发挥其在产业优化升级中的领头羊作用；对于东北和中西部地区起步较晚、尚未形成完整产业链的高技术产业，应给予普遍性支持，培育高技术产业自主创新机制，使之形成良性循环。
推进金融深化，形成商业金融支持高技术企业自主创新的市场机制。金融深化就是通过放松金融管制，强化市场机制在调节金融与经济运行关系中的作用。20世纪90年代以来，金融深化在新兴经济体的发展中起到了重要作用。从我国经济发展实际看，金融政策针对特定产业的适度放宽具有非常重要的积极作用。我国高技术产业自主创新面临的资金困境，从根本上看要通过完善市场机制来破解。为此，应推进可控的金融深化，一方面为金融机构提供更多的投资机会，在企业与金融机构之间形成顺畅沟通机制，方便参与者对创新技术的价值进行评估，最终将形成的技术价格推向市场；另一方面可以通过企业债券和风险偏好型的股权融资等形式，由金融机构分散企业自主创新的高风险。
