随着上海自贸区建设发展以及知识产权贸易的快速增长，自贸区知识产权司法保护的需求日益增加。上海知识产权法院建院以来共受理涉自贸区知识产权案件292件，审结242件。该院根据涉自贸区知识产权案件的特点，进一步健全自贸区知识产权司法保护机制，坚持“司法主导、严格保护、分类施策、比例协调”的司法政策，为自贸区发展创造良好的司法环境。
加强机制建设，强化有力保护
成立自贸区案件专项合议庭。在两个现有审判庭基础上跨庭组建自贸区案件专项合议庭，对涉自贸区知识产权民事、行政案件进行集中审理。该设立模式，最大程度实现对现有审判资源的整合，体现了“审判团队专业化、收案范围类型化、审判管理集约化、审判延伸系统化”的特点。
上海知识产权法院与张江高新技术产业开发区管理委员会签订《合作备忘录》。为进一步发挥张江国家自主创新示范区与该院的优势，共同推动张江国家自主创新示范区知识产权工作，双方本着“信息互通、资源共享、优势互补、协调推进”的原则，在共同营造法治环境、开展指导咨询、组织专项法律宣传、搭建双向服务平台等方面全面合作，促进提高企业知识产权创造、运用和管理水平。
成立“全国审判业务专家陈惠珍法官工作室”。组建以全国审判业务专家陈惠珍法官为代表的优秀法官团队，成立工作室，深入张江高新技术产业开发区（覆盖上海市一区22园），开展自贸区知识产权状况及纠纷动态调研、法律法规和典型案例宣传以及纠纷预警和防范等活动，推动提升园区的创新创造活力。
突出制度效能，强化严格保护
依法积极适用诉前、诉中保全制度。积极创新适合知识产权案件专业化特点的保全机制，探索形成“审判与执行联动、技术专家充分参与、分小组分区域保全”的工作机制，切实提高司法救济的及时性、便利性和有效性，从制度上降低维权成本。
不断加大知识产权损害赔偿力度。充分考虑知识产权市场价值的客观性和不确定性的双重特点，通过分析侵权法定赔偿考量因素，逐步建立以知识产权市场价值、创新高度、侵权主观恶性程度等为主要考量因素的赔偿机制，更好地保护权利人的合法权益。
厉惩治知识产权恶意侵权行为。加大对重复侵权、不履行生效判决等恶意侵权的惩戒力度，有效遏制、威慑侵权行为。加大对诉讼失信行为的惩戒力度，对抗拒证据保全、故意逾期举证、毁损证据、提交虚假证据、进行虚假陈述的当事人，依法予以制裁，营造诚实守信的诉讼环境。
创新工作方法，强化有效保护
注重形成统一司法标准的规则。按照突出需求导向、创新思维、法治理念和全球视野的总体思路，在案件审理中坚持依法裁判原则、平等保护原则、利益平衡原则、比例原则、司法便民原则以及专业保障原则；着力破解举证难、技术事实查明难、赔偿数额认定难以及执行难等难题，精心审理涉自贸区各类知识产权案件，探索形成司法裁判的新方法新规则。
推进审判专业化体制机制建设。建立技术调查、技术咨询、专家陪审、技术鉴定“四位一体”的技术事实调查认定体系，增强技术事实认定的客观、准确和高效。建立知识产权审判专业“智库”，先后聘请了中国科学院院士、中国工程院院士等成为特邀科学技术咨询专家和特邀知识产权咨询专家；选任了知识产权专家学者担任专家陪审员；聘任首批来自国家机关、行业协会、大专院校、科研院所等机构，涵盖材料、化工、电子、通信等专业技术领域的技术调查官。
建立知识产权纠纷多元专业调解机制。借助社会专业力量化解矛盾纠纷，该院先后与中国互联网协会调解中心、上海市软件行业协会、上海市生物医药行业协会等8家专业调解组织、行业协会签订合作协议，推进诉前调解、诉调对接，强化公正调解、创新调解、便民调解、专业调解、合力调解，形成优势互补、资源共享、互联互通的知识产权多元化解纠纷解决机制。
